!!!HDDを追加した後でディスクユーティリティを見た際に"WARNING: The partition is misaligned by 512 bytes."と出ていたら
[warning.png]
CentOS6系で、OSをインストールしたのとは別のHDDを追加した時に上記警告が表示されていたんですがずっと無視してました。\\
「データ用ディスクだし」などと思っていましたが、やはり気になるので調べてみると「HDDの寿命にも良くない」という記述も見つかり対処しました。\\
[ubuntu AFT仕様のHDDをパーティション切り直し|http://tech.junkpot.net/archives/475/ubuntu-aft%E4%BB%95%E6%A7%98%E3%81%AEhdd%E3%82%92%E3%83%91%E3%83%BC%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E5%88%87%E3%82%8A%E7%9B%B4%E3%81%97.html] がめっちゃ参考になりました、てか、まんま。\\
以下が手順。
!!まずはpartedで現状を確認する
%%prettify 
{{{
$parted -l
モデル: ATA WDC WD10EZEX-22B (scsi)
ディスク /dev/sdb: 1000GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/4096B
パーティションテーブル: msdos

番号  開始    終了    サイズ  タイプ   ファイルシステム  フラグ
 1    32.3kB  1000GB  1000GB  primary
}}}
/%
物理セクタサイズが
*4096B
となっていますが、4096バイトに合わせて上手にパーティションを切ってあげないと警告が出るそうです。
*HDD繋ぐ→fdisk→ボリュームグループ作成
という手順ではアウト。速度を損するだけではなくて、ディスクも痛めると。
!!パーティションを削除する
新規ディスクの場合、この処理はもちろん不要です。(その場合はmisalignedエラーも出ていませんが)\\
以下は、論理ボリュームを作成している事を前提にしています。
#該当パーティションにアクセスしているプロセスを全部終了させます。
#論理ボリューム管理にて該当HDD上の論理ボリュームを「論理ボリュームの削除」します。
#論理ボリューム管理にて該当HDD上のボリュームグループを「ボリュームグループからボリュームの削除」します。
#論理ボリューム管理にて該当HDDパーティションを「LVMからボリュームの削除」します。
#partedにて以下を実行します。
%%prettify 
{{{
# parted /dev/sdb
GNU Parted 2.1
/dev/sdb を使用
GNU Parted へようこそ！ コマンド一覧を見るには 'help' と入力してください。
}}}
/%
%%prettify 
{{{
(parted) print                                                            
モデル: ATA WDC WD10EZEX-22B (scsi)
ディスク /dev/sdb: 1000GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/4096B
パーティションテーブル: msdos

番号  開始    終了    サイズ  タイプ   ファイルシステム  フラグ
 1    32.3kB  1000GB  1000GB  primary

}}}
/%
rmにてパーティションを削除します。printにて削除されたことを確認。\\
%%prettify 
{{{
(parted) rm 1                                                             
(parted) print                                                            
モデル: ATA WDC WD10EZEX-22B (scsi)
ディスク /dev/sdb: 1000GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/4096B
パーティションテーブル: msdos

番号  開始  終了  サイズ  タイプ  ファイルシステム  フラグ

}}}
/%

!!パーティションを作る
unitコマンドで容量単位をセクタに換え、mkpartにてパーティションを切ります。\\
2048を開始点にして、終了点を-1で指定して容量を全部使います。
%%prettify 
{{{
(parted) unit s
(parted) mkpart primary 2048s -1s                                         
}}}
/%

内容を確認してqで終わります。
%%prettify 
{{{
(parted) unit gb                                                          
(parted) print                                                            
モデル: ATA WDC WD10EZEX-22B (scsi)
ディスク /dev/sdb: 1000GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/4096B
パーティションテーブル: msdos

番号  開始    終了    サイズ  タイプ   ファイルシステム  フラグ
 1    0.00GB  1000GB  1000GB  primary

(parted) q                                                                
通知: 必要であれば /etc/fstab を更新するのを忘れないようにしてください。  
}}}
/%
\\
最後にディスクユーティリティを見て警告が消えていたら切り直しの完了です。\\
もしもダメな場合は開始セクタを8の倍数で動かしてみてください。

!!論理ボリュームを作る
#論理ボリューム管理の初期化されていないエンティティーにて該当HDDを「エンティティーを初期化」します。
#論理ボリューム管理にて該当HDD上のボリュームグループを作成します。
#論理ボリューム管理にて該当ボリュームグループ上の論理ボリュームを作成します。

終了!